位于東京西部的巨大“學(xué)園都市”。在總?cè)丝谶_(dá)230萬人，其中約8成是學(xué)生的這座都市中，實(shí)施著超能力開發(fā)的特殊課程，學(xué)生們的能力被給予從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評(píng)價(jià)。 高中生上條當(dāng)麻，也是住在學(xué)園都市的學(xué)生之一。他由于隱藏在右手中的力量——只要是異能之力，就連神的加護(hù)都能消除的“幻想殺手Imagine Breaker”，而被評(píng)價(jià)為名落孫山的“無能力”，過著充滿不幸的人生。 而上條的學(xué)生生活，由于暑假開始時(shí)從天而降的純白修女而發(fā)生了巨大的變化。自從與逃離“魔法”世界的她——“禁書目錄茵蒂克絲”相遇開始，上條就被卷入了各種各樣的事件中。統(tǒng)率學(xué)園都市的“科學(xué)”方、與茵蒂克絲關(guān)聯(lián)的“魔法”方，在驚險(xiǎn)地解決雙方事件的過程中，他的人際關(guān)系也逐步擴(kuò)展。之后，魔法一方的十字教最大宗派羅馬正教，終于注意到上條的存在……。 如同呼應(yīng)魔法方一...